Pendant le génocide, Paul Rusesabagina est parvenu à protéger les vies de 1268 réfugiés de l’Hôtel des Mille Collines : aucun ne fut tué, blessé, ni expulsé de l’Hôtel.
Abritant quelques expatriés, l’Hôtel des Mille Collines attira beaucoup de Rwandais menacés lors du génocide, en 1994. Les miliciens génocidaires, les Interahamw1 , ainsi que des militaires, l’attaquèrent constamment. Toutefois, grâce au courage exceptionnel du gérant de l’Hôtel, Paul Rusesabagina, personne ne fut tué, blessé, battu, torturé, ni extrait de l’Hôtel.
Rusesabagina s’efforça de trouver des logements et de la nourriture pour les réfugiés. Quand l’eau fut coupée, les réfugiés utilisèrent celle de la piscine de l’Hôtel et lorsqu’elle fut épuisée, Rusesabagina s’arrangea pour avoir un camion-citerne et alla, chaque jour, chercher de l’eau. Alors qu’il n’y avait plus d’électricité dans la capitale Kigali, les groupes électrogènes de l’Hôtel continuèrent à fonctionner. Lorsqu’ils tombèrent en panne, Rusesabagina se débrouilla pour trouver du bois de feu et improvisa des foyers trois pierres sous un grand arbre, près de la piscine, permettant ainsi aux cuisiniers de l’Hôtel de cuisiner.
Bien qu’il eut l’opportunité de quitter le pays avec sa famille grâce à ses liens d’amitié avec certains militaires haut placés ou ses nombreux contacts à l’étranger, Rusesabagina refusa d’abandonner les 1268 réfugiés et transforma l’Hôtel en abri. Il les avertit des intentions des tueurs et fit tout ce qu’il put pour déjouer leurs plans. Il intervint lors de chacune de leurs attaques, en prenant parfois des risques majeurs. Il leur tint tête à de multiples reprises, et parvint à les apaiser grâce à sa force de persuasion, parfois aussi en les soudoyant.
Avec l’aide des réfugiés, Rusesabagina tenta d’alerter certaines personnalités et instances ayant le pouvoir de mettre fin à ce cauchemar. Il protégea inlassablement les réfugiés jusqu’à leur évacuation par la MINUAR2 , lors d’opérations d'échange de réfugiés entre l’armée gouvernementale et les rebelles du Front patriotique rwandais (FPR).