Le centre de recherches d'archéologie nationale (CRAN) a été fondé en 1971 par le Pr Joseph Mertens (1921-2007). Son activité s'est d'emblée placée dans le cadre des recherches promues par l'ex-SNF et le FNRS sous la direction de R. Brulet.
À partir de 1978, une cellule régionale et la direction scientifique de SOS-Fouille - organisme pionnier d'archéologie préventive créé à l'initiative du ministère de la Communauté française - sont adossés au CRAN. Opérations préventives, de sauvetage, et recherche fondamentale y sont distinctement organiséees, s'épaulant l'une l'autre. En 1988, les compétences en aménagement du territoire et en archéologie sont transférées à la Région wallonne. Dans ce nouveau contexte, la direction scientifique de la Commission de l'aménagement et de la protection du sous-sol archéologique wallon est établie en 1993 dans le giron du CRAN. Plusieurs atlas du sous-sol archéologique des centres urbains anciens et les études de planification des sites d'intérêt archéologique en Wallonie y sont réalisés.
Depuis 1989, le CRAN réalise et coordonne fouilles préventives et de programme, par exemple à Tournai, dans le cadre de nombreux aménagements urbains et dans l'environnement de la cathédrale Notre-Dame (patrimoine mondial UNESCO), et dans le cadre de fouilles déclarées d'intérêt régional par le gouvernement wallon dans l'agglomération antique de Liberchies (patrimoine exceptionnel de Wallonie). En 2009, l'intégration à l'institut de recherches INCAL en a élargi le champ disciplinaire en associant de nouveaux collègues, préhistoriens et historiens de l'architecture. L'archéologie et l'histoire de l'architecture sont également une tradition ancrée à l'UCL. Ces domaines font l'objet de nombreuses recherches fondamentales et appliquées par le Pr Raymond Lemaire (1921-1997) puis par le professeur Luc F. Genicot (1938-2007), qui crée le Centre d'histoire de l'architecture et du bâtiment en 1972 (CHAB), désormais intégré au CRAN.
Ses principaux thèmes de recherche concernent le Néolithique, l'archéologie urbaine, les agglomérations et les campagnes gallo-romaines, l'Antiquité tardive et le haut Moyen Âge, l'archéologie des littoraux au haut Moyen Âge, l'archéologie et l'archéométrie de la céramique, l'archéologie environnementale et l'étude des paysages, l'archéologie des sites castraux médiévaux, les fortifications des Temps Modernes et de la période contemporaine, l'archéologie et l'histoire de l'architecture religieuse, la planification archéologique.
Le CRAN occupe donc une position d'interface entre de nombreux acteurs institutionnels de la recherche, de la gestion patrimoniale culturelle, ainsi que les pouvoirs publics et diverses équipes prestataires de terrain et de laboratoire tant en Belgique qu'à l'étranger.
Vue des fouilles préventives de la place Saint-Pierre, Tournai, 1989 (édifices antiques et églises successives du 9e au 18e siècles).