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Né le 12 décembre 1964, le père Baudouin est le quatrième d’une famille de huit enfants. Après ses études primaires à Rwabidege, dans sa commune natale de Karengera (Cyangugu), il entre au petit séminaire de Nyundo puis au grand séminaire de Nyakibanda. Il est ordonné prêtre par le Pape Jean-Paul II, le 08 septembre 1990, à Kabgayi, lors de la visite historique du Saint-Père au Rwanda. Il démarre ses fonctions sacerdotales dans les paroisses de Muyange et de Shangi, toutes de la commune de Gafunzo, à Cyangugu. Lorsque le génocide commence en 1994, il réside à la paroisse de Nkanka. Dès le lendemain de l’assassinat du Président Habyarimana, le 7 avril 1994, les Tutsi de la région se réfugient à la paroisse de Nkanka. C’est la saison des pluies, ils sont d’abord logés à l’intérieur de l’église. Par la suite, le curé leur demande d’aller loger dans les locaux de l’école primaire avoisinante. Les prêtres leur donnent d’abord les vivres qu’ils ont en stock, mais celles-ci s’épuisent très rapidement. Ils sollicitent alors l’intervention de la Caritas diocésaine de Cyangugu qui fournit des sacs de riz, de haricots et de farine. Dès leur arrivée à la paroisse, le père Baudouin se préoccupe de la situation des réfugiés. Il donne son propre manteau à un réfugié trempé par la pluie et grelottant. Une mère donne naissance, le père Busunyu fait tout pour lui trouver à boire et à manger ainsi que des vêtements pour le nouveau-né. Il s’oppose aussi vainement à la décision du curé de loger les réfugiés à l’école primaire, estimant qu’ils y seront plus exposés aux attaques des Interahamwe. L’après-midi du 8 avril, les Interahamwe arrivent armés. le père Busunyu se précipite à leur rencontre et leur demande ce qu’ils cherchent. Ils disent venir tuer les Tutsi, « les cafards », qualifiés ainsi pour les déshumaniser. Le père discute avec eux et parvient à les raisonner en leur faisant comprendre que ces Tutsi sont leurs anciens voisins, enfants de Dieu, tout comme eux. Les miliciens s’en vont. Le lendemain, ils reviennent et le père parvient de nouveau à les convaincre de partir. Le 10 avril, lors de la messe dominicale de 11 heures, les réfugiés Tutsi constatent que certains Hutu présents à la messe sont impliqués dans les attaques et le pillage de leurs maisons, ils portent même des vêtements volés. Pourtant, le curé ne condamne pas ces agissements indignes des chrétiens, il signifie aux réfugiés qu’ils n’assisteront plus à la messe dominicale de 11 heures, mais qu’ils auront désormais leur célébration séparée chaque dimanche soir. Par la suite, les attaques des Interahamwe se multiplient et les réfugiés de l’école primaire retournent à l’église. Au départ, les miliciens attaquent en petit nombre et les réfugiés les repoussent. Le 17 avril, alors qu’il célèbre la messe du soir pour les réfugiés, assisté de le père Baudouin, le curé de la paroisse quitte précipitamment la cérémonie et ne revient pas. Le père Baudouin continue tout seul. Le lendemain vers 9h, les Interahamwe, en très grand nombre, armés de machettes et de gourdins, accompagnés de militaires, de policiers communaux et de bourgmestres, armés de grenades et de fusils, massacrent un millier de personnes. Ils pillent le centre de santé. Alors que les tueries ont lieu, Le père Baudouin brave la peur et se précipite pour cacher les survivants : les uns dans sa propre chambre, les autres dans des plafonds ou encore dans des garde-robes. Il les protège comme il peut et lorsque les Interahamwe viennent les chercher, il leur donne de l’argent. Il agit ainsi jusqu’à ce qu’ils soient tous partis. Aucun de ceux qu’il a cachés ne mourra. A la paroisse de Nkanka, il reste surtout des femmes et des enfants. Le père Baudouin pleure en découvrant les corps des victimes. Il continue pourtant à célébrer la messe pour les survivants et les réconfortent. Ayant vu plusieurs de ses paroissiens participer au massacre, il refuse de leur donner la communion.
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