Après l'indépendance, le Rwanda choisit comme président Grégoire Kayibanda, un Hutu originaire du centre du pays, candidat du parti MDR-Parmehutu (Parti pour l'émancipation Hutu). Son régime n'apaisa cependant pas les tensions interethniques. Le pouvoir fut exclusivement concentré entre les mains des Hutu. Les exilés Tutsi effectuèrent à plusieurs reprises des incursions sur le territoire du Rwanda pour déstabiliser le pouvoir Hutu. Le cycle de la violence s’installa, puisque chaque incursion donnait lieu à des représailles des Hutu contre les Tutsi de l’intérieur, représailles qui provoquaient de nouvelles vagues d'exilés Tutsi terrorisés. Le nouveau régime ne se soucia pas véritablement du problème de ces exilés. Il mit plutôt en avant l’origine étrangère des Tutsi, les réduisant à un statut d’envahisseurs. De la justification Tutsi : « Le pouvoir pour l’ethnie supérieure », l’on passa à la justification Hutu : « Le pouvoir pour les Rwandais de souche ».
Dans sa gestion de l'Etat, le président Grégoire Kayibanda privilégia les Hutu originaires de sa région natale, ce qui créa un clivage régional entre Hutu du centre et Hutu du nord, ces derniers étant majoritaires dans l'armée. Au début des années 1970, des dissensions éclatèrent entre les deux groupes. Les Hutu du nord revendiquèrent de participer aux affaires politiques du pays. Face à ces tensions intra-ethniques, le régime en place opta pour une mise en évidence de la menace Tutsi, en se basant sur les événements qui se déroulaient au Burundi voisin, où les militaires Tutsi au pouvoir avaient massacré, entre 1972 et 1973, des milliers de Hutu intellectuels. Cette crise burundaise légitima en quelque sorte la politique anti-Tutsi menée par le régime du président Kayibanda.
Début 1973, une campagne anti-Tutsi fut déclenchée dans les écoles secondaires, à l'université et dans les secteurs privé et public. Des Tutsi furent chassés des écoles et des services, d'autres battus et tués. Aucune poursuite judicaire ne fut pourtant exercée contre les auteurs de ces crimes. Le 5 juillet 1973, sous prétexte de rétablir l'ordre, l'armée s'empara du pouvoir. Le général-Major Juvénal Habyarimana, un Hutu du nord, renversa le président Kayibanda. Assigné à résidence, ce dernier fut d'abord condamné à mort par la cour martiale ; sa peine de mort fut ensuite commuée en peine de prison à vie et décéda en décembre 1976.
Les dix-sept premières années du régime d’Habyarimana furent stables. En 1975, il créa son propre parti, le MRND (Mouvement révolutionnaire national pour le développement). Ce nouveau parti devint le parti unique du Rwanda. Le Président basa sa politique sur ce qu'il appelait l'équilibre régional et ethnique dans les écoles, dans la fonction publique et le secteur privé. Par cette politique, les minorités numériques demeurèrent d'office les minorités intellectuelles, économiques et sociales. Les Tutsi payèrent un lourd tribut à cette politique, et leur isolement social devint légal. A titre d'exemple, sur 145 communes, il n'y eut aucun bourgmestre Tutsi, tandis qu’au sein des 11 préfectures, un seul Tutsi fut désigné vers la fin de la présidence de Habyarimana. Pourtant, toutes ces personnes étaient nommées par le président de la République, qui aurait pu appliquer l'équilibre ethnique préconisé.
S’agissant du clivage régional entre les Hutu, la deuxième république créa une oligarchie nordiste qui contrôla systématiquement toutes les sphères du pouvoir politique, économique et militaire. Une des conséquences fut l'inexorable marginalisation des Hutu du centre du pays, et plus largement de toutes les populations du sud du pays. Durant cette période, le régime en place parvint toutefois à instaurer la paix à l'intérieur du pays. Il resta mono-ethnique, mais les Tutsi de l'intérieur ne se firent plus massacrer. L’ordre et la sécurité furent accompagnés d’un développement socio-économique réel du pays. La production agricole croissante permit d'éviter la famine maintes fois annoncée. Le pays bénéficia du soutien des pays occidentaux et de nombreuses organisations extérieures.
Le conflit entre Hutu et Tutsi géré d'une part, et les progrès économiques enregistrés d'autre part, contribuèrent à rassurer la communauté internationale, qui considéra le Rwanda comme un modèle de développement en Afrique. Pourtant, vers la fin des années 1980, le climat de stabilité politique et économique commença à s'effondrer. La chute des prix des principaux produits d'exportation – l'étain, le thé et le café en particulier – provoqua l’appauvrissement et l’endettement rapides du pays. Le gouvernement rwandais chercha désespérément des crédits, et accepta un programme d'ajustement structurel du Fonds monétaire international et de la Banque mondiale pour tenter de redresser l'économie. C'est dans ce contexte de crise économique que le Rwanda dut faire face à une invasion de l'armée du FPR en provenance d'Ouganda, le 1er octobre 1990.