L’Institut supérieur de philosophie est l’héritier de l'Institut fondé en 1889 par le cardinal Désiré Mercier. Le texte fondateur est un Bref daté du 8 novembre 1889 dans lequel Léon XIII se réjouit d’apprendre que les évêques ont décidé de créer, selon sa demande, des chaires regroupées en un « Institut supérieur de philosophie » au sein de l’Université catholique de Louvain. La dénomination « École Saint-Thomas d’Aquin » est adjointe à l’Institut, lieu de renouveau du thomisme préconisé par Léon XIII. Dans l’esprit de Mercier, le néo-thomisme devait constituer une philosophie originale, en prise avec les problèmes de son temps, notamment avec le problème des sciences de la nature et des sciences humaines. En 1912, Simon Deploige, successeur de Mercier, obtint que le président de l’ISP siège au Conseil général de l’Université en tant que membre désigné par les évêques.
La Société philosophique de Louvain est dès la fondation de l’Institut l’organe de diffusion des recherches qui y sont menées. Elle publie dans ce but la Revue néo-scolastique de Louvain, périodique qui en 1946, prend le titre de Revue philosophique de Louvain. Quatre directions principales sont progressivement assignées à l’enseignement et à la recherche: l’étude historique et critique des grands philosophes, la réflexion sur les techniques et les méthodes des sciences, les rapports entre foi chrétienne et raison, l’interaction de la philosophie et de la vie sociale. En 1923, A. Michotte, professeur à l’ISP, fonde une École de pédagogie et de psychologie appliquée à l’éducation, dont il devint le président. En 1944, cette École devint l’Institut de psychologie appliquée et de pédagogie, qui est à l’origine de l’actuelle Faculté de psychologie et des sciences de l’éducation.
À partir de 1933, la section néerlandaise de l’Institut est organisée, les sections francophone et néerlandophone restant unitaires dans la personne de leur président. La scission des deux sections de l’université, envisagée sérieusement dès 1962 et décidée en 1968, est reconnue par la loi en 1970, avec la création de deux Universités autonomes. En décembre 1968, le Conseil de l’Institut acte la séparation de la section francophone (Institut supérieur de philosophie) et de la section néerlandophone Hoger Instituut voor Wijsbegeerte). Le dernier président unitaire, Albert Dondeyne, élu en mai 1968, garde nominalement son titre jusqu’en 1971, mais, dès 1969, deux nouveaux présidents sont désignés pour diriger chacune des sections. L’ISP quitte Louvain pour s’installer à Louvain-la-Neuve en 1978.
Le titre de Faculté des sciences philosophiques est adjoint à celui de l’Institut en 1983, l’ISP regroupant désormais tous les professeurs et assistants de philosophie jusqu’alors répartis dans différentes facultés.
Depuis la rentrée académique 2009-2010, l’Institut supérieur de philosophie, constitué en cadre de la recherche est distingué de l’École de philosophie, commission de programme de la Faculté de philosophie, arts et lettres (FIAL), qui devient l'organe de gestion de l’enseignement de la philosophie.