ImageJ 
ImageJ est un logiciel gratuit, développé par le NIH, basé sur le langage JAVA, largement utilisé par la communauté scientifique. De nombreux "plug-in" et macros sont disponibles et permettent d'effectuer des opérations sur mesure.
Exemples d'applications
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Comptage nucléaire
Cellules endothéliales - IF cavéoline/Connexine/DAPI
image .zvi acquise en illumination structurée (AxioImager.z1/ApoTome) - objectif 40x
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Analyse d'intensité de marquage fluorescent
Cardiomyocytes - IF OGT/alpha-sr-actinin/DAPI
image .zvi acquise en illumination structurée (AxioImager.z1/ApoTome) - objectif 63x
Quantification de la surface rouge au-delà d'un seuil (cellulaire, nucléaire, cytoplasmique)
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Analyse de la distance entre lysosomes et noyau
Cellules tumorales- IF LAMP1/WGA/DAPI
image .zvi acquise en illumination structurée (AxioImager.z1/ApoTome) - objectif 40x
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Assemblage d'une mosaïque à partir d'images individuelles se chevauchant (plugin MosaicJ)
Reconstitution d'une coupe de coeur de souris (marquage WGA-rhodamine) à partir d'images acquises en épifluorescence (AxioImager.z1)
Plugins et macros utiles:
LOCI Tools (ouverture de divers formats d'image)
Cell counter (comptage manuel de plusieurs types cellulaires)
Angiogenesis analyzer (analyse de réseaux cellulaires)