Le Conseil d'entreprise (CE) est un organe dont les attributions sont fixées par la loi.
Il est composé de délégués de l'employeur et de délégués du personnel. Ces derniers sont élus tous les quatre ans lors des élections sociales. Le Conseil d'entreprise actuel, élu le 08 mai 2012, est entré en fonction le 25 juin 2012.
Le Conseil d'entreprise a pour mission essentielle de recevoir de la direction de l'Université des informations sur la situation financière et sur l'évolution de l'emploi de toutes les catégories de personnel ainsi que sur les activités d'enseignement et de recherche.
Il a également pour mission de donner des avis, de faire des suggestions ou des objections sur toute mesure qui pourrait modifier l'organisation et les conditions de travail, la formation continuée du personnel, la politique du personnel, les modifications de structure. Ces avis doivent être préalables à la décision de la direction de l'Université.
Le Conseil d'entreprise élabore et modifie le règlement de travail de l'Université.
Il examine les critères généraux à suivre en cas de licenciement et d'engagement du personnel.
Il fixe les dates des vacances annuelles.
Il gère les oeuvres sociales instituées dans l'entreprise.
Le groupe de travail Mobilité et le groupe "Actions positives" lui rendent compte de leurs travaux.