1. L’université ancienne de Louvain. 1425-1797
Le recteur et quelques membres de la haute administration de l’Université étaient institutionnellement tenus de veiller à la conservation des actes relatifs à la fondation et aux privilèges de l’Université, ainsi qu’à celle des registres d’immatriculation, des procès-verbaux des réunions du Sénat académique et des documents se rapportant à la juridiction du recteur. Les cinq facultés (arts, droit canon, droit civil, médecine et théologie), qui jouissaient d’une large autonomie, conservaient leurs propres archives, sous la responsabilité du doyen ou du Prior Collegii.
Les répercussions de la Révolution de 1789 et l'intégration des provinces, aujourd'hui belges, à l'État français, provoquèrent la fermeture de l'Université en 1797 et la dispersion de ses archives. Une partie se retrouva à Bruxelles, une autre à Gand, une troisième au Séminaire de Bois-le-Duc aux Pays-Bas et une dernière à Altona, au Danemark. Finalement, au lendemain de l'indépendance de la Belgique, la majorité de ce qui put être sauvé fut versée aux Archives Générales du Royaume. Le fonds ainsi constitué a été inventorié : Henry De Vocht, Inventaire des archives de l'Université de Louvain, 1426-1797, aux Archives générales du royaume à Bruxelles, Louvain, Uystpruyst, 1927. Ce n’est qu’en 2001 que ces fonds d’Ancien Régime retrouveront leur ville d’origine, puisqu’ils sont transférés dans le nouveau dépôt des Archives de l’État ouvert à Louvain, dans l’ancien Collège de Villers entièrement rénové.
Les Archives de l’UCL conservent cependant des documents regardant l’ancienne Université, dont une importante collection de cours (CI), des portraits, des titres de thèse, des laudationes…
Le 18 juin 2013, l'ensemble des archives de l'université de Louvain sous l'Ancien Régime, comprenant des fonds conservées principalement aux Archives de l'État à Louvain, mais aussi aux archives de la KUL et de l'UCL, est inscrit au Registre Mémoire du monde de l'Unesco.
2. L’Université catholique de Louvain à Louvain. 1834-1968
La vie organique de l’Université à Louvain, reconstituée comme Université d’État en 1816 et comme Université catholique en 1834, généra une nouvelle production de documents. La gouvernance très centralisée de l’UCL détermina de conserver ces archives au rectorat, dans les Halles universitaires.
Le bâtiment, qui comprenait aussi la Bibliothèque universitaire, fut incendié au cours de la nuit du 25 au 26 août 1914, aux premiers jours de l’occupation de Louvain. Les archives, le musée académique, les collections de manuscrits et les livres disparurent dans les flammes.
Après la guerre, de nouvelles archives furent reconstituées, avec une conservation sur le lieu même de leur production : aux Halles pour les archives du recteur et de l'administration centrale ; dans les secrétariats, pour les facultés et les instituts.
Le Bibliothécaire en chef de l’Université Étienne Van Cauwenbergh et ses collaborateurs développèrent une politique d’accueil et d’achats qui permit une certaine reconstitution de la mémoire universitaire à la Bibliothèque sur base de nouveaux types de documents : papiers privés, archives de professeurs... Les archives administratives définitives les rejoignent progressivement.
Le nouvel incendie par fait de guerre en mai 1940 fut un nouveau coup dur.
3. L’Université catholique de Louvain depuis 1968
La reconstitution des archives reprit à partir de 1945 selon le schéma de conservation établi dans l’entre-deux-guerres : les archives vivantes dans leur lieu de production, les archives centrales définitives et les documents patrimoniaux à la Bibliothèque.
La scission de l’Université en deux institutions de langue différente (Université catholique de Louvain et Katholieke Universiteit Leuven) en 1968 et le transfert de l'UCL francophone sur de nouveaux sites provoquèrent le partage des archives. Il fut alors décidé de conserver l'essentiel à la KU Leuven, à charge pour celle-ci d'en assurer l'inventaire et la communication sur demande à l'UCL. Un spécimen des documents de chaque série conservée fut transmis aux Archives de l’UCL.
Les Archives de l’UCL ont été constituées en 1982 comme service de logistique scientifique. Elles conservent les archives dont la responsabilité lui échut lors du partage. Elles exercent de nouvelles responsabilités à propos des archives administratives de la nouvelle institution constituée dès 1968 et instituée officiellement en 1970. Elles développent de nouveaux secteurs de préoccupation tels que les archives visuelles, audiovisuelles, les archives électroniques, les collections patrimoniales scientifiques et culturelles.
Les archives des recteurs et des administrateurs généraux et les archives du Service du personnel sont régulièrement versées aux Archives de l’UCL. Les archives des facultés et des autres administrations sont conservées dans les lieux de leur production, les Archives apportant une aide à leur classement et gestion.