La médecine et la pharmacopée
La médecine traditionnelle japonaise se décline en 5 pratiques : l’acupuncture, la diététique, le massage Tui Na, les exercices énergétiques (Qi Gong et Taichi) et la pharmacopée. Les plus anciens ouvrages traitant de science datent de la période de Nara (710-794) et sont composés en caractères chinois. Le Kojiki (recueil de choses anciennes) est composé vers 712. Il dresse une liste de plantes chinoises. Des bonzes médecins, venus de Chine et de Corée enseignent à la fois le bouddhisme et les sciences naturelles. Le prince Shotoku (574-621), connu comme étant le propagateur du bouddhisme au Japon combina la connaissance des 5 éléments (bois, feu, terre, métal, eau) aux vertus du confucianisme et modifia la perception des japonais de leur environnement. Ils développent les études sur le terrain ainsi que les écoles de médecine.
Honzo-gaku désigne l’étude de plantes, d’animaux et de minéraux utilisés pour les produits médicaux. Le premier livre compilé par un japonais, le Honzô wamyô, date de 918. Il présente 1025 sortes d’ingrédients utilisables et donne leurs noms en chinois et en japonais.
La seule pratique de la médecine chinoise au Japon se poursuit pendant plusieurs siècles. Une corporation particulière de religieux, appartenant à la religion de Shinto, s’attribuaient la spécialité d’apaiser les colères du mauvais esprit, propagateur d’épidémies. Les portugais au 16ème siècle, puis les hollandais au 17ème siècle tentent d’introduire au Japon la médecine occidentale mais la pratique de la médecine chinoise subsiste. Une école européenne s’installe en 1857 et à partir de 1868, les praticiens européens sont accueillis. Ils représenteront à la fin du 19ème siècle, un quart de la totalité des praticiens de l’Empire.
L’astronomie
L’histoire de l’astronomie au Japon est, comme en Chine, liée à l’histoire du calcul du calendrier. Du 7ème au 16ème siècle, on s’attache principalement à repérer les mouvements apparents des corps célestes pour préparer les éphémérides officielles. Il y a, durant cette époque, une absence totale de traités japonais d’astronomie, les références sont uniquement chinoises. L’usage des instruments astronomiques est également très limité. Vers 1675, le T’ien-ching huo-wen (questions sur les classiques du ciel) au contenu purement scientifique est introduit au Japon. Cet ouvrage présentait une synthèse des vues occidentales et chinoises et joua un rôle important dans la diffusion de l’astronomie occidentale au Japon. Plusieurs scientifiques japonais commencent alors à rédiger des ouvrages commentant les principes occidentaux. Joken Nishikawa, auteur du Tenmon giron (Discussions sur les principes de l’astronomie), paru en 1712, reconnait la supériorité des chiffres et instruments occidentaux mais affirmait que, par tradition, il faisait d’abord confiance aux modèles chinois. À partir de 1720, se développent de nouveaux rapports entre astronomes japonais et occidentaux. Les œuvres occidentales commencent à être traduites et commentées.