Les centres rassemblent des chercheurs (professeurs, personnel scientifique, doctorants) sur base de projets à long terme ; ceux-ci se concrétisent dans différents colloques ou rencontres, qui débouchent sur des publications exhaustives. Certains Centres, dits affectés, (en gras) ont leur ancrage principal en RSCS. D'autres ont leur attache principale dans un autre institut mais sont associés à RSCS ("centres associés" en italique) pour la part significative que leurs recherches consacrent au religieux.
- Centre d'histoire des religions (CHIR)
- Centre de recherche sur l'imaginaire (CRI) (INCAL)
- Centre interdisciplinaire d'études de l'Islam dans le monde contemporain (CISMOC) (IACCHOS)
- Centre Lumen Gentium (CLG)
- Centre Vincent Lebbe (CVL)
- Groupe d'analyse culturelle de la première modernité (GEMCA) (INCAL)
- Laboratoire d'anthropologie prospective (LAAP) (IACCHOS)
- Centre de recherche sur éducation et religions (CRER)
- Centre de recherche en théologie pratique (CUTP)