Les structures et les modes de fonctionnement de l'Université sont en pleine évolution. Au sein des trois secteurs de premier niveau - sciences humaines, sciences et technologies, sciences de la santé - recherche et enseignement se gèrent de manière différenciée mais coordonnée.
Côté "recherche", le deuxième niveau de fonctionnement est celui de l'institut qui élabore et met en oeuvre les politiques de recherche dans les disciplines scientifiques qui le concernent. Un institut peut articuler ses politiques autour de pôles de recherche.
Instituts et pôles sont épaulés par les plate-formes technologiques regroupant du personnel technique et administratif autour d'un ensemble cohérent d'équipements scientifiques et techniques (laboratoire d'analyse, centre d'archives ou de traduction ...). Elles peuvent être intégrées dans un institut, cogérées par plusieurs instituts ou indépendantes. Les plate-formes soutiennent également des activités d'enseignement et de service à la société.
Aux côtés de ces structures, les centres de recherche regroupent des membres d'un ou plusieurs instituts autour d'un projet commun. L'objectif est d'encourager la recherche interdisciplinaire de haut niveau et de stimuler le regroupement temporaire de personnes autour d'objets disciplinaires ou de thématiques communes.