Une structure confédérale, qui considère que les centres de recherche sont les véritables lieux de « fabrication » de la recherche et qu’il revient à l’institut de soutenir et de valoriser leurs activités ; un mode de décision collégial, réalisé au sein de Conseil de direction de l’institut qui se réunit une fois par mois, où siègent les directeurs de l’ensemble des centres de recherche, ainsi que des représentants du personnel scientifique et la coordinatrice de l’institut ; une offre de services centralisée et transversale, qui vient en support aux centres de recherche dans des domaines qu’ils n’ont pas les moyens de mettre en œuvre par eux-mêmes, à savoir : l’appui logistique de la recherche, le soutien éditorial, la direction de revues, l’organisation d’événements et la gestion d’importants contrats de recherche ; des règles partagées, en particulier en matière budgétaire (reversement aux centres des deux tiers de la dotation en frais de fonctionnement, soutien aux activités de publication et traduction des chercheurs en privilégiant les synergies interdisciplinaires et inter-centres, etc.) ; enfin, des activités propres, telles que des séances d’accueil ou de soutien aux jeunes chercheurs, la réalisation d’un colloque bi-annuel ou la poursuite d’un cycle de « grandes conférences », en lien avec les associations étudiantes.