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Le Secteur des Sciences de la Santé offre la possibilité de réaliser un doctorat dans les domaines suivants :
- Doctorat en Sciences médicales
- Doctorat en Sciences de la santé publique
- Doctorat en Sciences dentaires
- Doctorat en Sciences biomédicales et pharmaceutiques
- Doctorat en Sciences de la motricité
Tous ces domaines d'études sont gérés par la Commission Doctorale de Domaine du Secteur des Sciences de la Santé (CDSS). Celle-ci délègue les missions de gestion locale et quotidienne des dossiers aux « commissions de proximité » (CP).